Parafia Rzymskokatolicka Najświętszego Serca Pana Jezusa w Gniazdowie-Mzykach, w granicach której położone jest Sanktuarium, erygowana została 12 września 1988 r. przez ówczesnego Biskupa Częstochowskiego dra Stanisława Nowaka. Wolą Pasterza Diecezji było wybudowanie w miejscowości Mzyki Kaplicy Katechetycznej, „w której można by było sprawować również Mszę Św. i – gdyby sobie wierni życzyli – udzielać sakramentów świętych”. Pierwszy Proboszcz Parafii – ks. Marek Kundzicz zapragnął, by ta Kaplica w Mzykach, która wkrótce zgodnie z życzeniem mieszkańców stała się kościołem filialnym miała za Patrona Św. Jana Marię Vianney’a. Proboszcz pytany przez Parafian dlaczego właśnie ten francuski święty miał być szczególnym opiekunem tej części Parafii i kościoła w Mzykach odpowiadał: „zobaczycie, tu jeszcze będą kiedyś przyjeżdżać pielgrzymki”.
W roku 2000 odbyła się Uroczystość Konsekracji kościoła w Mzykach. Podczas tego uroczystego aktu oddania Panu Bogu na własność wzniesionej świątyni ks. abp Stanisław Nowak podarował wspólnocie parafialnej bezcenny skarb: autentyczne Relikwie Św. Proboszcza z Ars. Wtedy również po raz pierwszy we wnętrzu świeżo konsekrowanego kościoła padło z ust dostojnego Celebransa słowo: Sanktuarium. Relikwie zostały umieszczone w odpowiednio przygotowanym miejscu pod tabernakulum kościoła w Mzykach.
O wypowiedzianym podczas Konsekracji kościoła w Mzykach słowie Arcypasterz Częstochowski pamiętał przez kilka lat. W ogłoszonym przez Ojca Św. Benedykta XVI Roku Kapłańskim ks. Arcybiskup właśnie do Mzyk zaprosił kapłanów na Diecezjalną Pielgrzymkę. Na początku uroczystego nabożeństwa sprawowanego przy Relikwiach Św. Jana Marii Vianney’a w dniu 08 sierpnia 2009 r. ks. Arcybiskup przypomniał swoją obietnicę sprzed kilku lat i uroczyście ogłosił, że odtąd kościół w Mzykach będzie Sanktuarium Św. Jana Marii Vianney’a; wkrótce podpisany został dokument erygujący to Sanktuarium. W dokumencie naznaczony został również specjalny charyzmat tego miejsca: gorliwa modlitwa za kapłanów i osoby życia konsekrowanego. O tę modlitwę ks. Arcybiskup prosi wszystkich przybywających do Mzyk kapłanów, pielgrzymów, a także Parafian gromadzących się na sprawowanie kultu Bożego w tej właśnie świątyni.
Od tego przełomowego momentu do Mzyk zaczynają napływać Pielgrzymi. Bywają i takie dni, że przyjeżdżających na modlitwę przy Relikwiach Św. Kapłana Pielgrzymów jest więcej, niż wszystkich mieszkańców tej niewielkiej miejscowości.
I chociaż każdy pątnik przybywający do Św. Jana z modlitwą w sercu i na ustach jest bardzo ważny i jednakowo ceniony, warto wspomnieć co najmniej o dwóch wydarzeniach w tworzonej przez Pielgrzymów historii Sanktuarium. W listopadzie 2010 r. odbywała się Peregrenycja Relikwii Serca Św. Jana Marii Vianney’a po Europie. Podczas obecności tych Relikwii w Częstochowie – 13 listopada mieliśmy wielkie szczęście gościć Serce świętego Kapłana w naszym Sanktuarium. Kilka godzin spędzonych w świątyni wypełnionej Pielgrzymami, modlitwa za kapłanów, sprawowane Msze Św. dla różnych grup, adoracja Najświętszego Sakramentu, słuchanie Słowa Bożego – słowem: wszystko co najbardziej kochał Proboszcz z Ars. Pod koniec tego pięknego popołudnia i wieczoru ks. Arcybiskup obecny na modlitwie przez cały czas powiedział, że „Św. Jan byłby zadowolony, jest zadowolony z tego czasu, który spędziliśmy w Polskim Ars”. Nie tylko poczuliśmy rytm świętego, kapłańskiego Serca, ale doświadczaliśmy później wielokrotnie, że w rytm tego Serca zaczęło pulsować również całe Sanktuarium i wszystkie sprawy z nim związane – zarówno duchowe jak i materialne.
A drugie historyczne wydarzenie to pielgrzymka Roty Rzymskiej do Mzyk. Ten najwyższy Papieski Trybunał Sądowniczy pielgrzymował po naszej Ojczyźnie śladami Jana Pawła II. Podczas pobytu w Częstochowie dostojni Goście zechcieli nawiedzić Sanktuarium Św. Jana Marii Vianney’a. 09 maja 2013 r. pod przewodem Dziekana Roty Rzymskiej – ks. prał. Pio Vito Pinto przybyli do Mzyk: wzięli udział w Nabożeństwie Majowym ofiarowanym tego dnia za kapłanów, ucałowali relikwii Św. Jana, zwiedzili Pokój Św. Jana i przyjęli gościnę (między innymi kosztowali Ziemniaczków Św. Jana).
I wreszcie wydarzenie w dziedzinie ducha bardzo ważne: 04 października 2013 r. z polecenia Ojca Św. Franciszka Penitencjaria Apostolska udzieliła łaski Odpustu Zupełnego, który można zdobyć nawiedzając nasze Sanktuarium i modląc się za kapłanów przy zachowaniu zwykłych warunków. Od tamtego dnia do korzystania z tej łaski zachęcamy wszystkich Pielgrzymów i prosimy, by nie zapominali o zmarłych kapłanach; korzystamy z możliwości zyskania tego odpustu także w każdy czwartek podczas Nabożeństwa za kapłanów.
Wszystkie I czwartki miesiąca stały się w Mzykach dniem bardzo szczególnym. Sanktuarium zgodnie ze swoim charyzmatem staje się wtedy szczególnym miejscem intensywnej modlitwy za kapłanów i osoby życia konsekrowanego. Dzieje się to w ramach uroczystego nabożeństwa obejmującego adorację Najświętszego Sakramentu, Mszę Św. połączoną z Nieszporami i Apel Jasnogórski oraz ucałowanie Relikwii Św. Jana Marii Vianney’a.To bardzo zaszczytne i fascynujące być świadkiem powstawania duchowego dzieła modlitwy za kapłanów; niezmiernie inspirujące móc uczestniczyć i tworzyć żywą historię tego szczególnego Sanktuarium. Każdy przybywający tu i modlący w tym miejscu Pielgrzym do tego świętego dzieła dokłada swoją cząstkę. Razem twórzmy tę historię…